1、坚持“四个原则”。一是“民办、民管、民受益”的原则。农村专业合作经济组织是农民自己的组织，这就决定了政府及其部门只能进行鼓励、支持和指导，绝不能搞强迫命令和行政干涉；在内部管理中要实行民主管理、民主决策和民主监督，充分体现成员对组织内部事务的知情权、参与权、决策权和监督权。二是主体多元化、形式多样化的发展原则。走主体多元化、形式多样化的发展道路，不能搞一刀切。发展以什么形式和方式，应由农民自己选择、决定，只要是坚持“民办、民管、民受益”的发展方向，起到增加农民收入和提高农民组织化程度的作用，无论采取哪种形式和方式，叫何种名称，都予以肯定、鼓励和支持。三是发展与培育特色主导产业相结合的原则。发展农村专业合作经济组织要以产品为纽带，体现地方特色。要紧紧依托和发挥当地的比较优势，以优势特色主导产业为导向，从农民合作要求和市场需求出发积极组建体现主导产业特色的专业合作组织。四是从实际出发，积极稳妥的原则。农村合作经济组织作为农业市场化发展中的新事物，不能强求在短期内发展较大的规模，要立足市情。在发展过程中，要结合本地农村发展的实际和要求，采取循序渐进的方法，不能急于求成，以防欲速则不达。
2、处理“四个关系”。一是发展农村专业合作经济组织与坚持家庭承包经营的关系。土地家庭承包经营是党在农村的基本政策，发展农村专业合作经济组织必须建立在稳定家庭承包经营的基础之上，决不能侵害农户的经营自主权，决不能形成对农户经营自主权的剥夺。二是农村专业合作经济组织与村集体组织的关系。目前，两者的职能、组织形式的差别，各有侧重，不能相互代替。但从长远看，用农村专业合作经济组织对原有的村集体经济组织进行改造，加强其合作功能，十分必要。三是政府推动与群众自愿的关系。发展农村专业合作经济组织需要政府的引导推动和必要扶持，但必须坚持群众自愿的原则，不能搞包办代替，更不能强迫命令。四是发展与规范的关系。在农村合作经济组织发展的初期，管理不规范，制度不完善是正常的，不能求全责备。要本着先发展，后规范的原则，在发展的基础上逐步规范。
3、把握 “四个趋势”。一是合作领域纵深化趋势。随着市场经济的不断发展，仅限于生产领域的一般合作已经不适应农产品竞争的要求，必须促进合作由生产领域向加工、流通领域拓展，通过加工、流通企业的带动实现产品增值、农业增效、农民增收。二是合作方式紧密化趋势。办好农村专业合作经济组织关键在于组织成员之间结成利益共同体，要通过完善规章制度，明确各自权利和义务，规范各自的行为，正确处理农村专业经济合作组织与农户的利益分配关系。三是合作组织实体化趋势。农村专业合作经济组织在搞好自我服务、满足自我需求以外，必须增强经济实力，扩大经营范围，提高经营效率和竞争力，增强对农民的吸引力。四是外向型发展趋势。目前，大部分农村合作经济组织局限于在本村、本乡开展经济活动，不少合作经济组织还处于“单打独斗”状态，但仍有部分合作组织出现了跨区域发展态势，如发耳姜业协会等。要加强外向型跨区域合作的联合引导，促进合作经济组织从本土型向外向型转变，提高合作经济组织的外向度，进而提高合作经济组织的辐射水平和经济效益。