从第一部开始，宇智波佐助、春野小樱、漩涡鸣人（九尾被其爸爸四代火影封印在他体内）是第七班（老师：卡卡西），后来大蛇丸（三忍之一）攻击木叶把三代火影杀了。之后，宇智波鼬（佐助的哥哥，晓成员）出现了，佐助不知真相，以为鼬灭族，便想复仇。之后纲手（三忍之一）当了火影。佐助发现实力远远不及鼬，便投靠大蛇丸，在投靠途中于终结之谷与鸣人发生天崩地裂的决战，勉强获胜。鸣人发现自己无法带回佐助而跟从自来也（三忍之
一）修行。第一部就这样草率的结束了。
第二部（疾风传）时间为第一部5年后，大家都成长了，晓（为了捕获尾兽的组织，创始者：佩恩，幕后黑手：宇智波斑）也开始活跃。鸣人修行回到木叶后，得知风影我爱罗（一尾在他体内）被晓成员迪达拉、赤砂之蝎捕获，前往沙忍村。我爱罗后来复活了（具体不说了）。后来佐井（木叶暗部根成员）加入第七班，卡卡西养病（写轮眼过度），大和代替了他。他们遇见了长大后的佐助，佐助太强了，他们都输了，佐助也离开了。角度和飞段（都是晓成员）抓了二尾，在木叶杀了阿斯玛。鸣人用新术螺旋手里剑干掉了他们。佐助杀了大蛇丸，找了水月、香菱、重吾做伙伴寻找鼬。佐助在途中与迪达拉战斗，迪达拉自爆，佐助成功逃脱。佩恩与自来也发生激战，自来也战死。佐助将鼬干掉了（鼬严重放水）。斑告诉佐助宇智波一族灭族原因（不多说了，你自己看）。佐助等人加入了晓，靠着新的万花筒写轮眼成功捕获八尾，但其实捕获了八尾的提替身。鸣人学了仙术，在木叶与佩恩发生激战（这段特别精彩，有四代出现，长门回忆），最终长门（控制六道佩恩拥有轮回眼的人）改邪归正，牺牲性命复活了很多人（自来也除外）。五影大会即将召开！