自我总结的Westen Blot步骤,简单实用!
蛋白质的提取
(整个过程冰上进行)
一.组织膜蛋白
裂解液 bufferA+1%蛋白酶抑制剂
蛋白保存液 40%SDS+60%RIPA+1%蛋白酶抑制剂
1.-80°C冰箱中取出组织放入研磨管中(研磨管和配套的研磨棒事先用去离子水冲洗,用纸吸干水)按600-700μl/100mg组织加裂解液研磨(研磨后研磨管和研磨棒用去离子水冲洗,用纸吸干水)
2.用1000枪转入1.5ml离心管中4°C离心,1500转15min
3.用1000枪将上清转入差速离心专用离心管中(离心管事先用去离子水冲洗)用裂解液配平
4.差速离心33000-35000转(45000g)30min
5.弃上清,沉淀加入150μl左右蛋白保存液(根据沉淀的量调整)用枪来回吹打使沉淀溶解,枪头在液面下,尽量不要出沫
6.将上述液体分装到0.5ml离心管中,每管20-25μl,留一管-20°C保存测浓度,其余放入-80°C保存
二.组织总蛋白
裂解液 40%SDS+60%RIPA+1%蛋白酶抑制剂
1.-80°C冰箱中取出组织放入研磨管中(研磨管和配套的研磨棒事先要用去离子水冲洗,用干净的纸擦干)按600-700μl/100mg组织加裂解液研磨(研磨后研磨管和研磨棒用去离子水冲洗,用纸吸干水)
2.用1000枪转入1.5ml离心管中4°C离心,13500转30min
3.取上清分装到0.5ml离心管中,每管20-25μl,留一管-20°C保存测浓度,其余放入-80°C保存
三.细胞总蛋白
裂解液 RIPA+1%蛋白酶抑制剂
1.将培养瓶中培养液倒掉,加入PBS冲洗5-6遍,倒掉PBS,用枪吸出倒不尽的PBS
2.每瓶加100-150μl裂解液,用细胞刮刀尽量将细胞刮下来(刮刀用前去离子水冲洗,用纸吸干水,用完一样处理)用200枪转入1.5ml离心管中
3.超声破碎细胞,频率80-100间,超声探头(用前用纸擦,用后用纸擦并盖上盖)插入液面下,超声3-5s停3-5s,总共20s左右,停止5min左右
4.重复上步4-6次
5.4°C离心13500转15min
6.取上清分装到0.5ml离心管中,每管40μl,留一管-20°C保存测浓度,其余放入-80°C保存。
蛋白质浓度的测定
工作液(BCA试剂B液:BCA试剂A液=1:50)
1.用100枪将19μl PBS加入96孔板(两边不加,测浓度不准)
2.用2.5枪加入1μl待测样品(加样时枪头在液面下,提抢时贴壁,尽量不产生气泡)
3.用200枪加入200μl工作液,混匀(枪头在液面下,不产生气泡)
4.放入37°C孵箱30min
5.用酶标仪测浓度,记录数据
凝胶的配置
一. 分离胶的配置:
1. 将胶板用自来水冲洗干净(否则配出的胶会不均匀),用去离子水冲洗。将胶板固定在架子上,加入去离子水至矮板高度,等待3~4分钟,测试是否漏水。期间可以准备配胶时所需要的溶液:
去离子水:室温放置
30%丙烯酰胺:4℃放置,神经毒性
TRIS—HCL(ph8.8):4℃放置
TRIS—HCL(ph6.8):4℃放置
10%SDS(自配):室温放置
10%AP(现配现用):避光
TEMED:室温放置,神经毒性
2. 根据所需蛋白质的分子量确定所要配制多大浓度的胶。本实验采用的胶为10%的分离胶,2块胶版配置25ml即可。按照如下的量进行配制分离胶:
去离子水:9.9ml
30%丙烯酰胺:8.3ml
TRIS—HCL(ph8.8):6.3ml
10%SDS(自配):0.25ml
10%AP(现配现用):0.25ml
TEMED:0.01ml
配置时要将液体混匀,加入最后两种物质的速度要快,因为丙烯酰胺是促凝剂,凝聚的物质为APH和TEMED。将配好的分离胶倒入胶板中(倒入量为胶板高度的3/4)加入去离子水封住,防止空气进入,排除气泡。加去离子水时要轻,防止将上层的分离胶稀释。通常分离胶需要30~35分钟即可,凝固后可以看到用一条直线。
3. 在配好的分离胶上层加入TRIS—HCL(ph6.8)作为一种缓冲,因为积层胶用的是TRIS—HCL(ph6.8)。然后配制积层胶:
去离子水:5.5ml
30%丙烯酰胺:3.5ml
TRIS—HCL(ph6.8):1.5ml
10%SDS(自配):0.08ml
10%AP(现配现用):0.08ml
TEMED:0.008ml
配好后将TRIS—HCL倒出,倒入积层胶,插入梳子(梳子要用去离子水冲洗干净,并将去离子水甩掉,否则会在胶板上留下不能用的孔道),插梳子的时候要排除气泡,从一端向另一端推。20分钟即可凝固,拔出梳子。
将配好的胶板放入装有去离子水的饭盒中,防止胶中的水分蒸发,发生缩胶现象。
电泳液和转膜液的配制
1. 电泳液:Gly15.0g,Tris-base3.02g,SDS1g,1000ml 去离子水,室温保存
2. 转膜液:Gly14.4g,Tris-base3.00g,甲醇100ml,900ml去离子水,4℃保存
蛋白质样本的处理
1. 从-80℃冰箱中取出提好的蛋白质,按照算好的蛋白,ripa,loading将蛋白稀释到同一个体积。(此操作过程在冰域中进行)
蛋白质的体积 X= 40μg/[(1.3484*OD值-0.0799)*20]
Ripa的体积 Y=体积最大的蛋白质补整-X
Loading的体积Z=1/4(X+Y)
2. 煮样:100℃,5min。(将管外的水擦干净)
电泳过程
1. 将电泳槽准备好,胶板的矮面朝里,加入电泳液,先在里面和外面个加入一半的电泳液,排净气泡后加满。
2. 上样,上样量为8μl。上样时要慢,如果担心样的中央处有凹陷,那就在边处让样流下。
3. 按照“红对红,黑对黑”的原则安装电极。开始跑电泳。先恒压70v使蛋白质跑到同一条起跑线上,待跑至分离胶上时,改为100v,使溴酚蓝全部跑出时停止。电压越小跑的越好。
转膜过程
1.剪好滤纸和NC膜,滤纸要比膜小1~2cm,在转膜液中浸泡。
2.准备白色的矮一些的盒子,里面装好转膜液,将膜取下,取得过程中要注意不要将膜弄破。
3.制作“三明治”,夹板黑色的一面朝向桌子,第一层为海绵,第二层为滤纸,第三层为胶,第四层为滤纸,这时不要急于将最后一层海绵盖上,先将前面三层中的气泡赶走,然后再加入第五层海绵。夹紧,不要让夹板扭动。
4.放入“三明治”时要按照“黑对黑”的原则放入。在倒满转膜液之前不要忘记将一个冰盒放在转膜槽内。将转膜槽放在装满冰的盆里,开始转膜。我们需要的分子量范围是:>250kd~31kd,我们转膜的条件为恒压70v,2h。
封闭
1. 封闭液的配制(5%):将10g脱脂奶粉加入到200mlPBS中,在漏斗中过滤。
2. 将膜取出,放在去离子水中冲洗一下,放入封闭液中。
3. 放在摇床上封闭2h。
一抗的孵育
1. 将膜从封闭液中取出,用PBS冲洗3次,每次10min。按照分子量将膜剪开。
2. 一抗有两种孵育方法:一、室温孵育:在桌面上铺一张纸,将剪好的膜放在纸上,加上相应的一抗。二、过夜孵育:准备夹链袋,将膜用镊子放入,但是不能碰到膜的表面,将抗体加入,不能有气泡。在室温下摇动1h(可以将枪按到一档)4℃过夜。
3. APP(1:200),Navβ2(1:200),Nav1.2(1:200),NR1(1:200),BACE1(1:1000),GAPDH(1:1000)
二抗的孵育
1. 将膜从夹链袋中取出,一抗回收放在PBST中冲洗3次,10min一次。
2. 二抗在暗室中进行,GAPDH二抗用800鼠(1:4000),其他用700兔(1:4000)。
3. 二抗孵育1h。
4. 洗膜:PBST冲洗3次,每次10min。最后再用PBS冲洗一次。扫膜。
第二篇:western Blot经验总结
1.抗体的选择
对于国内的大多数实验室来讲,做western blot实验选择抗体是个头疼的问题。原因很简单,买进口抗体捉襟见肘,买国产抗体得需要大无畏的勇气。
进口抗体一般不会出现闪失:abcam品种全,质量过硬,但价高(3400元/100微升),而且说是100微升,但至多能吸出来90微升;Sigma的价最贵;比较有性价比的是CST的抗体,现在好像是2200元/100微升,我前后用过二十几种,1:1000的稀释比下,还没有失过手,100微升通常能完成所有的免疫组化和western blot实验,还有一个优点是通常量比100微升多出来10微升,唯一的不足是CST的品种实在不多。Santa的多克隆抗体质量可以,但是选用Santa的单抗还是有风险,估计这也是业界共识了吧。
进口抗体国内分装包装我也用过不少,大概好抗体的比例约为50%,如果能做出来,也存在一个问题,就是抗体大多只能用一次。
国产抗体比较知名的就几家,但质量确实不敢恭维。
我也帮别人自制过抗体,再用抗原亲和纯化。效价非常不错,夸张的时候1:10000都能做出条带
2.Western Blot设备
目前最好的垂直槽和转移槽还是Biorad(伯乐),尤其是MINI3好用,MINI4可以一次跑四块胶,但通常用不上,由此造成垂直缓冲液的浪费,而且MINI4用绿色塑料夹住玻璃板来组成内槽,容易漏液。
Biorad的一套系统得两万多。好在咱中国人聪明,上海天能的外观和构造和伯乐的MINI3几乎一模一样,而且可以通用,不带电泳仪是5千多一套,挺好用的。唯一的不足是塑料寿命不如伯乐,胶架容易断裂。不过仔细算算,三套天能也就是一套伯乐的价格,值了。北京六一的垂直槽很转移槽很好用,但垂直槽配胶不方便,玻板太厚,散热不好,但能用,六一的电泳仪(电源)还是很好用的。
3. Western Blot实验条件
Western Blot实验条件我基本是按ABCAM公司经典教材做的
(http://www.abcam.com/ps/pdf/protocols/WB-beginner.pdf)。具体的试剂配方我是按宝生物试剂册的附录部分配制。
丙烯酰胺和甲叉我是从北京华美买的德国biomol原装货,配出来的胶可以提在手里玩,弹性非常好,价格比sigma的便宜许多,1公斤好像是480多人民币,够实验室用好长时间,现在我们实验室做双向电泳都用biomol的胶,很好用。Marker我现在用fermantas 的SM1811,2微升就很清晰了。
要强调的是垂直电泳缓冲液千万不能回收用,具体愿因你只需上网查查SDS-PAGE的原理就知道了。转移电泳缓冲液可以回收再用两次。
转膜我通常是快转两百200毫安/2小时,慢转80毫安/12小时。快转是一定得做冰水浴,就是把槽子泡在冰水混合液里。
封闭我通常用BD的脱脂奶粉,260元500克,也是从北京华美买的。
ECL我用pierce的,500毫升1650元,比国产的还便宜好用。
胶片是柯达的,以前用过乐凯的,不如柯达。
我很少用丽春红或考马斯染膜或染胶,总觉得是脱裤子放屁的事。
4. Western Blot实验关键
Western Blot操作步骤多,每一步的失误都会造成全盘失败,综合而言,抗体仍然是决定成败的关键,如果抗体很滥,就是神仙也没招。其中内参抗体很重要,因为内参抗体的选择关系到全盘实验的考评。Actin,Tubulin,GAPDH我都用过,Actin,Tubulin的缺点是有时候会出现复带,比较稳定的还是GAPDH。如果用心看看cell,nature,science上的文章,
大多用GAPDH做内参。进口的,国内分装的,国产的,我都用过。进口的最强的1:10000都能做出条带(Upstate,现在被Minipore招安了),国内分装的也好用,但就是不好回收重复使用,国产的一般只能用一次。现在我用的是杭州贤至的GAPDH兔多抗,200微升420元钱,我在蛋白上样量12微升/孔的情况下,按1:20xx稀释比,条带非常清晰,没有杂带,是我目前用过的最好的国产抗体,我估计按1:4000照样能做出来,因为按按1:20xx稀释做,在暗室里点上ECL后肉眼清楚地看到荧光条带。抗体我在不加叠氮化钠的情况下4度过夜杂交,可回收重复使用5到6次。
5.关于奶粉,膜的选择和显影定影
奶粉看似简单,其实很重要,如果要凑合,可以到超市买光明的脱脂奶粉。奶粉质量不好,会最终导致显影要么漆黑一片,要么啥都没。fluka的很好,可惜因为疯牛病的原因,现在海关禁止进口美国牛制品。我现在用的bd的,很好很稳定,如果回收使用,500可以用很长时间。
nc膜,pvdf膜我都用过,现在我已经固定下来用密理博的0.45微米的pvdf膜。pvdf膜的好处是蛋白载量大,韧性好。唯一的麻烦是事先得用甲醇泡几分钟。甲醇泡完后,得在转移缓冲液里泡一两分钟。国内用nc膜的人多一些,主要是因为nc膜有分装的小片,忽悠老板买一张膜就100元钱,老板肯定乐意,若是说膜得花上千元,老板就有可能长时间的思考,然后过些日子再答复你。所以大多数人会采取前一种方式,当然得告诉老板好几次,膜就100元钱。现在pvdf膜国内大概是1600元到1700元一卷,33厘米*375厘米。现在我基本是从北京的欣津科和华美买,大概1700元一卷,完完整整。
0.45微米的pvdf膜我用5%的脱脂奶粉(溶于tbst中)室温封闭1小时,0.22微米的用8%的脱脂奶粉。bsa我很少用,主要是bsa会出现封闭不均匀的情况。我也很少用0.22微米的膜,原因是背景不干净,再者无论是封闭时间还是洗膜时间都得延长。标准教程上推荐20kd以下的分子用0.22微米的膜,我杂过最小的分子是cleaved-caspase3,12ka,按我在一楼的转膜条件,在0.45微米的膜上清清楚楚。我在上海的师弟他们转7ka的分子也用0.45微米的,没出过事。
一抗我一般4度摇床过夜,洗膜3此,每次5分钟。要注意的是,如果一抗里添加了叠氮化钠,务必洗膜5次,每次10分钟,因为叠氮化钠会灭活二抗偶联的辣根过氧化物酶(hrp)活性。二抗我用的是中杉金桥分装的,120元一支,通常1:5000,室温1小时,然后洗膜三次,每次5分钟。
一般8.3*4.3厘米的膜,大概要400微升的ecl混合液。加ecl我一般就在灯光下,或者白天把窗帘拉上。加好ecl,覆上保鲜膜后,我才端着暗盒进暗室,暗室里我的暗室红灯始终开着,没有那么可怕。
在暗室里,我一般是剪4张同样尺寸的胶片,叠在一起,压在膜上方,暗盒一扣,就干别的事情去了。5个小时或过夜,我再把胶片显影,显影我起初很注意技巧,但现在基本上是在显影液里放10分钟,捞出来放到水盘里涮一涮,然后在定影液里放十分钟。我一般总能找到一张理想的胶片,因为胶片叠加到一起后,层层屏蔽,从而逐渐递减荧光强度,我试过多次,即便是荧光强度最强的内参,也至多能达到最上面的第四层胶片。所以显定影后,肯定有曝光过度的胶片,但也肯定有趋势,背景,强度恰到好处的一张,嘿嘿,傻瓜做法。 傻瓜做法看似呆笨,实则不然。我在很长的一段时间里,都是读秒,或三分钟,或15分钟,或半小时,或1小时取出胶片显影,眼睛紧紧盯着,一看到条带就捞出来定影。如果不理想,再压胶片,再等,再取再投再捞,活脱脱是个“猴埋儿”。西北人传说小猴夭折了,母猴把小猴埋到土里面,一会又挖出来,再埋进去,又挖出来...反复无止。显定影时如果采取猴埋儿式的技巧,是最费胶片,最费时间,最费心力的做法。所以我是傻瓜就用傻瓜的办法。 我用过好几个品牌的国产ecl,和进口的ecl也做过对照。国产的一半是a液b液总共
50毫升180元钱,单价3.6元/毫升,一般肉眼可见的荧光强度可持续1个小时,pierce和milipore的可以持续3小时。milipore的麻烦之处在于由a液b液c液三组成分组成,费枪头,费脑子。现在我固定使用pierce的super ecl,1650元500毫升,折算下来是3.3元/毫升。
胶片我用过医院放射科的,乐凯的,柯达的,柯达现在小胶片(小暗盒尺寸)好像是130元/50张,乐凯的是其价格的一半。乐凯的缺点在于胶片容易出现划痕,有莫名奇妙的背景,虽然瑕不掩瑜,但还是让人不爽,再就是感光不如柯达的灵敏。这些我都比对过。如果细心地把二者胶片厚度比比,也可看出差距。我就此请教过甘肃的乐凯总代理,他说根源出在牛身上。
显影液定影液我一直用乐凯的,便宜,量又足,谁用谁说好。进口的从未染指,连想都没想过,呵呵,我内心里还是极其渴望支持国货的,爱之深,恨之切啊!