中国农业大学研究生中期考核表

                                               学号：B

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中国农业大学研究生中期考核自我测评表

                                                     学号：

    

第二篇：中国农业大学生物学院

苏震 教授

中国农业大学生物学院

北京市海淀区圆明园西路2号，100193

Email：zhensu@, szhen68@yahoo.com

Lab Webpage：http://bioinformatics./ZhenSuLab/

教育背景

1997～2003 美国亚利桑那大学农业和生命科学学院，环境科学博士

1986～1990 北京农业大学生物物理专业，理学士

工作经历

2004.5～ 中国农业大学生物学院 教授、博士生导师

从20xx年5月到中国农业大学至今，构建生物信息平台并开设研究生、本科生的生物信息学相关课程，建设中国农业大学生物信息学专业；同时参与中国农业大学功能基因组中心建设，为转录组学和蛋白质组学平台提供实验管理和数据分析支撑。并在此基础上展开植物分子系统生物学的研究，主要研究方向为：大规模基因表达谱分析算法，基因表达调控网络构建，蛋白质功能预测与计算机生物活性分子高通量筛选等。

目前参与973计划《植物应答高盐、低温胁迫的分子调控网络机制研究》，863项目《网络海量RNA数据搜索、二次挖掘与应用集成软件的开发》，主持两项国家自然科学基金《降解农药残留的水稻细胞色素P450的功能基因组研究》和《拟南芥JAZ家族基因在茉莉酸和脱落酸间交互作用及协调水分胁迫适应性的分子机制研究》。20xx年入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”。

2003.3～2004.4 Syngenta生物技术公司(美国) 生物信息科学家

从事基因芯片系统的研究, 负责实验室信息管理系统 (LIMS), 设计不同的计算机算法研究遗传调节网络（整合时序算法, 建立基于表达谱的遗传调节网络分析流程, 应用于基因表达调控网络的研究）。通过对Arabidopsis全基因组sub-exon 水平基因芯片数据的分析，系统预测Arabidopsis全基因组基因功能，对基因表达的复杂现象（例如：alternative splicing）进行深入研究

2002～2003 Activx生物医学公司（美国）生物信息专家

从事蛋白组学研究, 根据蛋白质活性高效筛选靶蛋白和加速研发药物。建立针对蛋白酶活性测量的谱线分析算法, 为基于平板电泳, 毛细管电泳, 和质谱的蛋白组学分析打下基础。

2001～2002 TORREY MESA RESEARCH INSTITUTE, SYNGENTA （美国） 生物信息程序员及访问学者

生物信息学算法研究：综合比较多种聚类分析方法，并在此基础上建立可自组织, 自收敛的聚类分析新算法。

功能基因组学研究：利用聚类分析方法对拟南芥、水稻、及小鼠的基因表达谱进行数据挖掘。

1997～2003 亚利桑那大学农业和生命科学学院（美国），博士，主修环境科学，副修材料工程

z 博士论文方向：利用计算机分子动力学模拟算法研究纳米水平液体薄膜的物理化学性质以

揭示在土壤环境中液态有机污染物的运动过程。建立纳米水平液体薄膜及其与固体表面相互作用的数学模型, 并在此基础上, 综合应用molecular dynamic 和 Monte Carlo simulations算法, 预测液体小分子在纳米级水平上的运动规律, 研究超薄液膜的物理化学特性, 对润滑材料, 土壤清污的应用研究具有一定的指导意义。

z 开发进行核酸及蛋白质序列分析、基因芯片数据处理及数据挖掘等生物信息学应用程序。

1990～1997 中国科学院生物物理所细胞生物物理室 助理研究员

从事光生物物理和环境生物物理领域的研究工作，参加了以下科研项目：

z 生物系统超微弱发光与其氧化代谢相关性研究. 国家自然科学基金项目

z 水体中苯系物对哺乳类线粒体微弱光子发射的诱导作用. 国家自然科学基金项目 z 空间辐射剂量测量方法研究项目. 中西德合作计划和863高技术跟踪

z 快中子治癌研究装置及应用研究. 国家科委重大研究项目

z 中子治癌束剂量与微剂量的测量. 国家自然科学基金项目

z 快中子在医学、生物学中的应用研究. 国家自然科学基金, 国家攀登计划B

z 用于肿瘤疗效分析及复发检测的追踪测试技术. 中国科学院生物物理所

z 用毛白杨叶片发光监测SO2（包括酸雨）污染. 中国科学院生物物理所

1986～1990 北京农业大学生物物理专业 本科生

19xx年获理学士学位. 毕业论文：色谱计算机模拟教学软件设计

发表文章：

1. Li Q Wei, Wen Y Xu, Zhu Y Deng, Zhen Su, Yongbiao Xue and Tai Wang. (2010)

Genome-scale Analysis and Comparison of Gene Expression Profiles in Developing and Germinated Pollen in Oryza sativa. BMC Genomics. 11:338.

2. Rendong Yang and Zhen Su. (2010) Analyzing circadian expression data by

harmonic regression based on autoregressive spectral estimation. BIOINFORMATICS. 26: i168-i174.

3. Zhou Du, Xin Zhou, Yi Ling, Zhenhai Zhang, and Zhen Su. (2010) agriGO: a GO

analysis toolkit for the agricultural community. Nucleic Acids Research 38: W64-W70.

4. Jie Zhang, Haibin Lu, Xinyan Li, Yan Li, Haitao Cui, Chi-Kuang Wen, Xiaoyan

Tang, Zhen Su, and Jian-Min Zhou (2010) Effector-Triggered and Pathogen-Associated Molecular Pattern–Triggered Immunity Differentially Contribute to Basal Resistance to Pseudomonas syringae. Molecular Plant-Microbe Interactions. 23: 940–948.

5. Liu F, Xu W, Wei Q, Zhang Z, Xing Z, Tan L, Di C, Yao D, Wang C, Tan Y, Yan H,

Ling Y, Sun C, Xue Y, Su Z. (2010) Gene Expression Profiles Deciphering Rice Phenotypic Variation between Nipponbare (Japonica) and 93-11 (Indica) during Oxidative Stress. PLoS ONE 5(1): e8632.

6. Zhenhai Zhang, Jingyin Yu, Daofeng Li, Zuyong Zhang, Fengxia Liu, Xin Zhou,

Tao Wang, Yi Ling, and Zhen Su. (2010) PMRD: plant microRNA database. Nucleic Acids Research 38: D806-D813

7. Daofeng Li, Zhen Su, Jiangli Dong and Tao Wang. (2009) An expression

database for roots of the model legume Medicago truncatula under salt stress. BMC Genomics. 10:517

8. Xin Zhou, Zhen Su, R Douglas Sammons, Yanhui Peng, Patrick J Tranel, C Neal

Stewart Jr, and Joshua S Yuan. (2009) Novel software package for cross-platform transcriptome analysis (CPTRA). BMC Bioinformatics. 10 (Suppl 11):S16

9. Fu-Qing Wu, Qi Xin, Zheng Cao, Zhi-Qiang Liu, Shu-Yuan Du, Chao Mei, Chen-Xi

Zhao, Xiao-Fang Wang, Yi Shang, Tao Jiang, Xiao-Feng Zhang, Lu Yan, Rui Zhao, Zi-Ning Cui, Rui Liu, Hai-Li Sun, Xin-Ling Yang, Zhen Su, and Da-Peng Zhang. (2009) The Mg-Chelatase H Subunit Binds Abscisic Acid and Functions in Abscisic Acid Signaling: New Evidence in Arabidopsis. Plant Physiol. 150(4):1940-54

10. Zhou Du, Xin Zhou, Li Li, Zhen Su. (2009) plantsUPS: a database of plants'

Ubiquitin Proteasome System. BMC Genomics. 10:227

11. 郭华军, 焦远年, 邸超, 姚冬霞, 张盖华, 郑雪, 刘岚, 张群莲, 郭蔼光, 苏震 (2009).

拟南芥转录因子GRAS 家族基因群响应渗透和干旱胁迫的初步探索. 植物学报 44, 290-

299.

12. Linna Zhao, Fengxia Liu, Wenying Xu, Chao Di, Shaoxia Zhou, Yongbiao Xue,

Jingjuan Yu, Zhen Su. (2009) Increased expression of OsSPX1 enhances cold/subfreezing tolerance in tobacco and Arabidopsis thaliana. Plant Biotechnology Journal. 7: 550-561.

13. Hao Lin, Renxiao Wang, Qian Qian, Meixian Yan, Xiangbing Meng, Zhiming Fu,

Cunyu Yan, Biao Jiang, Zhen Su, Jiayang Li, Yonghong Wang. (2009) DWARF27, an Iron-Containing Protein Required for the Biosynthesis of Strigolactones, Regulates Rice Tiller Bud Outgrowth through the MAX/RMS/D Pathway. Plant Cell. 21:1512-1525

14. Zhi-yu Peng, Xin Zhou, Linchuan Li, Xiangchun Yu, Hongjiang Li, Zhiqiang Jiang,

Guangyu Cao, Mingyi Bai, Xingchun Wang, Caifu Jiang, Haibin Lu, Xianhui Hou, Lijia Qu, Zhiyong Wang, Jianru Zuo, Xiangdong Fu, Zhen Su, Songgang Li, and Hongwei Guo. (2009) Arabidopsis Hormone Database: a comprehensive genetic and phenotypic information database for plant hormone research in Arabidopsis. Nucleic Acids Research. 37: D975-D982

15. Xin Zhou, Zhen Su. (2008) tCal: transcriptional probability calculator using

thermodynamic model. Bioinformatics. 24: 2639 - 2640

16. He Fei, Kang Juqing, Zhou Xin, Su Zhen, Qu Li-Jia, Gu Hongya. (2008) Variation

at the transcriptional level among Chinese natural populations of Arabidopsis thaliana in response to cold stress. Chinese Science Bulletin. Vol.53 No. 19 pp.2989-2999

17. Yi Wang, Wen-Zheng Zhang, Lian-Fen Song, Jun-Jie Zou, Zhen Su, and Wei-Hua Wu.

(2008) Transcriptome analyses show changes in gene expression to accompany pollen germination and tube growth in Arabidopsis. Plant Physiol. 148:1201-1211

18. Liu, F., Xu, W., Tan, L., Xue, Y., Sun, C., Su, Z. (2008) Case study for

identification of indel-caused alternative expression isoforms in rice subspecies japonica and indica by integrative genome analysis. Genomics 91: 186–194

19. Xin Zhou, Zhen Su, (2007) EasyGO: Gene Ontology-based annotation and

functional enrichment analysis tool for agronomical species, BMC Genomics 8:246

20. Hou ZC, Xu GY, Su Z, Yang N. （2007）Purifying selection and positive

selection on the myxovirus resistance gene in mammals and chickens. Gene. 396(1):188-95.

21. Xin Zhou, Fei He, Fengxia Liu, Xue Zheng, Chao Di, Shaoxia Zhou, Hongya Gu,

Wenying Xu, and Zhen Su. (2007) Integration of Cold Signal Transduction Pathway Related to ABA 8’-hydroxylase in Arabidopsis. Biotechnology and Sustainable Agriculture 2006 and Beyond, 471-474, Z. Xu et al. (eds.), 2007

Springer

22. Jia J, Fu J, Zheng J, Zhou X, Huai J, Wang J, Wang M, Zhang Y, Chen X, Zhang J,

Zhao J, Su Z, Lv Y, Wang G. (2006) Annotation and expression profile analysis of 2073 full-length cDNAs from stress-induced maize (Zea mays L.) seedlings. Plant J. 48(5):710-27.

23. Zhang X, Zhou S, Fu Y, Su Z, Wang X, Sun C. (2006) Identification of a drought

tolerant introgression line derived from Dongxiang common wild rice (O. rufipogon Griff.). Plant Mol Biol. 62(1-2):247-59.

24. 丁必为，田英杰，邓乃扬，苏震，蔡春. (2006) 基于支持向量机的拟南芥基因表达数据

分析. 《运筹学学报》10(2):51-58

25. 刘云岩，苏震，董江丽，申小叶，李道丰，王涛 (2006) 截形苜蓿生物数据分析平台的构

建与应用 《草地学报》 14(3): 231-235

26. 刘胜毅, 毛晗, 苏震, 董彩华, 徐文英, 冀瑞琴, 郭学兰. (2005) 油菜对菌核病和黑胫

病的抗病机制分析. 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 20xx年z1期

27. Su Z, Cushman JH, Curry JE (2003) Computer simulation of anisotropic diffusion

in monolayer films in mica slit pores. Journal of Chemical Physics, 118(3):1417-1422

28. 苏震, 徐文英, 张仲纶, 马玉琴, 傅翠真, 郑雁珍, 刘成祥. (1997) 大豆种子脂肪氧化

酶同工酶缺失体的超弱发光研究 《大豆科学》 1997（3）

29. 赵文恩, 韩雅珊, Saishi Hirota, 苏震, 张仲纶, 郑雁珍. (1997) 类胡萝卜素对H2O2-

NaOCl体系生成的O2的猝灭作用 《生物物理学报》 1997(1) : 137-142

30. 傅翠真, 徐文英, 苏震. (1997) 中国大豆脂肪氧化酶缺失种质多样性鉴定研究 《中国

农业科学》 1997（1）

31. 章汴生, 牛玉中, 阎日成, 马玉琴, 张仲伦, 苏震. (1997) 人血清超弱发光水平与肿瘤

关系的研究 《肿瘤研究与临床》 1997 (1)

32. 徐文英, 傅翠真, 苏震. (1996) 大豆脂肪氧化酶的研究动态 《植物生理学通讯》

1996 (4) : 308-313

33. Wang Yingyan, Wang Jinguang, Ma Yuqin, Su Zhen, Zhang Zhonglun, Zheng Yanzhen,

Liu Chengxiang. (1996) Biophoton emission, free radical and toxicity of benzene to aquatic biosystems Journal of Environmental Sciences. Vol.8 No.2: 218-227

34. 徐文英, 付翠真, 丁安林, 苏震, 马玉琴, 张仲纶. (1995) 大豆脂肪氧化酶同工酶缺失

体的苗期叶片超弱发光研究 《大豆科学》 1995 (3)

35. Ma Yuqin, Zhang Zhonglun, Su Zhen, Ma Bin, Zheng Yanzhen, Liu Chengxiang, Wang

Yingyan, Wa Jiguang. (1995) SO2-induced change of spectrum in Low-Level Chemiluminescence from Populus tomentosa leaf. Bull. Environ. Contam. Toxicol. Vol. 55: 136-141

36. 王英彦, 马玉琴, 苏震, 张仲纶, 郑雁珍, 刘成祥. (1995) 苯、过渡金属离子和鱼肝微

粒体相互作用过程中的生物光子发射 《科学通报》 1995 (20)

37. 王英彦, 王继光；马玉琴, 苏震, 赵克俭, 张仲纶, 郑雁珍, 刘成祥. (1995) Coγ射601

线辐照诱发的苯水体系发光特性的实验研究 《化学通报》 1995 (1) 31-33

38. 苏 震, 马玉琴, 张仲纶, 赵克俭, 郑雁珍, 马斌, 刘成祥. (1994) 血清的超弱发光对骨

肿瘤术前术后监测的临床意义 《中国肿瘤临床》 1994 (12) 903-905

39. 苏 震, 马玉琴, 张仲纶, 赵克俭, 宗小林, 郑雁珍, 刘成祥. (1994) 毛白杨叶片SO2

急性损伤诱发的呼吸障碍与其低水平化学发光的相关性研究 《科学通报》 1994(20) 1893-1895

40. 张仲纶, 郑雁珍, 苏震, 马玉琴, 赵克俭, 刘成祥, 马斌；卢绍婉, 孙象贤, 王淑贤, 叶

元贞, 尹殿军；糜福顺, 苏学清. (1994) 单片微机化微弱发光测量仪及其在肿瘤研究

中的初步应用 《生物医学工程学杂志》 1994 (1) 24-30

41. 马玉琴, 张仲纶, 苏震, 郑雁珍, 马斌, 刘成祥, 赵克俭；王英彦, 王继光. (1994)

SO2诱导的毛白杨叶片LCL发射光谱变化 《科学通报》 1994 (6)

42. 马玉琴, 赵克俭, 张仲纶, 苏震, 马斌, 郑雁珍, 杨光洁, 米志勇 (1994) 羟自由基

(*OH)、超氧阴离子(O2)与线粒体低水平化学发光相关性的研究 《感光化学与光化学》 1994 (4) 312-317

43. 常崴克, 唐锦华, 罗醒萱；张仲纶, 苏震, 刘成祥, 郑雁珍 (1994) 快中子治癌束剂量

特性研究 《辐射防护》 1994 (4) 256-261

44. 张仲纶, 苏震, 郑雁珍, 刘晓梅. (1993) LiF剂量计高剂量测量方法研究 《辐射研究

与辐射工艺学报》 1993(3) 135-138

45. 张仲纶, 郑雁珍, 苏震, 赵克俭, 刘成祥. (1993) 中国实验卫星中空间辐射剂量的热释

光分析方法 《空间科学学报》 1993 (2)

46. Wang Yingyan, Ma Yuqin, Su Zhen, Wang Jinguang, Zhao Keijian, Zhang Zhonglun,

Ma Bin, Zheng Yanzhen, Liu Chengxiang. (1993) Changes of Low Level Chemiluminescence Spectra from Plant Leaf Smoked by Air Pollutants Fresenius Envir Bull 2: 588-595

47. 王红霞, 袁润英, 相东, 王林, 吴捷, 徐万鹏；马玉琴, 赵克俭, 张仲纶, 苏震, 郑雁珍,

马斌. (1993) 骨肿瘤病人血清和尿液超微弱发光强度的研究 《中华肿瘤杂志》 1993 (2) 108-111

48. 马斌, 马玉琴, 苏震, 赵克俭, 张仲纶, 郑雁珍, 刘成祥, 王英彦. (1992) 雨水对毛

白杨树叶片低水平化学发光的影响 《科学通报》 1992 (24)

49. Ma Yuqin, Zhao Kejian, Zhang Zhonglun, Su Zhen, Ma Bin, Zheng Yanzhen, Liu

Chengxiang. (1992) Influence of Rain and Sulphur Dioxide on Low-Level Chemiluminescence from leaf of Populus tomentosa Bull. Environ. Contam. Toxicol. Vol. 49 906-913

50. 马玉琴, 赵克俭, 王英彦, 张仲纶, 郑雁珍, 苏震, 马斌, 刘成祥, 韩卫. (1992)

用斑马鱼的自发化学发光研究水域酚污染 《环境保护》 1992 (11) 33-34

51. Ma Yuqin, Song Xueling, Zhao Kejing, Zhang Zhoglun, Ma Bin, Zhen YanZhen, Liu

Chengxiang, Su Zhen; Mi Fushun, Su Xueqing, Shen Yu, Wang Jianzhang. (1992) Investigation of Tumorigenic Effect on Ultraweak Luminescence from Nude Mouse for Animal Model Chinese Journal of Cancer Research Vol. 4 No. 4: 46-50

52. 临床组 申文江等； 物理组 唐锦华, 常崴克, 张仲纶, 罗醒萱, 苏震. (1992) 快中

子治疗临床实验研究 《中华放射肿瘤学杂志》 1992 (4)

53. 张仲纶, 王英彦, 郑雁珍, 苏震, 马玉琴, 赵克俭, 刘成祥, 马斌. (1991) 用于环

境生物监测的微弱发光测量仪 《环境保护》 1991 (10) 28-29

专利：

1. 张仲纶，付世密，郑雁珍，苏震，马玉琴，刘成祥，江丕栋 “微弱发光测量仪”，专利

号ZL96241369.0

2. Guangzhou Zou, Xun Wang, and Zhen Su. System and Method for Clustering Data

(2003) in USA, PCT/US2003/001806

3. 孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩 “一种辅助筛选耐冷水稻的方法

与其专用引物”，专利号ZL200610089799.1

4. 孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩 “辅助筛选耐冷水稻的方法和它

的专用引物” 专利号200610088805.1

5. 孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩 “辅助筛选耐冷水稻的方法与其专

用引物” 专利号200610088803.2

6. 孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩 “一种辅助筛选耐冷水稻的方法及

其专用引物” 专利号200610088801.3

7. 孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩 “辅助筛选耐冷水稻的方法及其

专用引物” 专利号200610089798.7

8. 苏震，刘凤霞，徐文英，谭禄宾，邸超，张振海，孙传清，薛勇彪 “一种辅助筛选籼

稻和粳稻的方法以及专用引物” 专利号200810056529.X

9. 苏震，刘凤霞，徐文英，谭禄宾，邸超，张振海，孙传清，薛勇彪 “一种辅助筛选籼

稻和粳稻的方法” 专利申请号200810056530.2

应用” 专利申请号200810115175.1

专利申请号200810115174.7 10. 苏震，徐文英，于静娟，赵琳娜，刘凤霞，周少霞 “植物耐低温蛋白及其编码基因与11. 苏震，徐文英，于静娟，赵琳娜，刘凤霞，周少霞 “一种植物耐低温蛋白及其编码基因与应用”

12. 苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华 “水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别

植物培养基质中除草剂的残留” 专利申请号200810118021.8

13. 苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华 “水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别

植物培养基质中除草剂的残留” 专利申请号200810118020.3

14. 苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华 “水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别

植物培养基质中除草剂的残留” 专利申请号200810118016.7

15. 苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华 “水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别

植物培养基质中除草剂的残留” 专利申请号200810118019.0

16. 苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华 “水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别

植物培养基质中除草剂的残留” 专利申请号200810118017.1

获奖情况：

1. “快中子治癌研究装置及应用研究” 项目于19xx年4月16日通过国家医药管理局和中国科

学院联合鉴定，19xx年获科学院科技进步二等奖，19xx年获国家科技进步三等奖

唐锦华，常崴克，罗醒萱，张苏 等 高能物理所

张仲纶，苏震，刘成祥，郑雁珍 生物物理所

军事医学科学院,医科院肿瘤所,北京肿瘤所,301医院 等协作组三十余人

2. “生物系统超弱发光的研究及其在环境科学中的应用”19xx年获中国科学院生物物理研究

所重要成果二等奖。

沈恂, 马玉琴, 张仲纶, 王英彦, 付世密, 李心愿, 苏震, 郑雁珍, 刘成祥, 张月敬