猩球崛起2--病毒世纪
前轴：飞机划过星空，只留下一道轨迹。
画面飘到洛杉矶机场上，一个妇女跟她的女儿逗笑玩乐，等待着他父亲的下机，终于等到他父亲，她女儿跑过去被他父亲抱起来逗玩。威尔带着他老婆拿着行李袋准备到洛杉矶沙滩游玩，一路走一路笑着对方穿着方面的事情还有他们想要个孩子作他们爱情的结晶。这时机场突然乱起来，那位父亲流鼻血到他们的母女身上，机场执法人员马上叫动医护人员送他们去医院，在送的过程中被威尔看到那男的样子，眼睛里眼球呈黄绿色让威尔触起了点戒心——富兰克林的死。
音乐带过一分钟（原始森林的模样，但里面却筑起了一个个美丽的家园）
凯撒：“这里，GOGO！”一大群的猿人带着些经过精心改良过的武器去捕捉猎物（野猪），经过一轮的战斗，它们抓到猎物并大闹庆祝起来，他们成功战胜用不同的方法去抓不同的猎物。
这是回到森林这是猿群大闹事件后的一年后，在警方的介入下曾无数次进入红森林抓拿猿人，但都被一一击退，猿人的智慧超乎警方们的想象。猿人开始学习人类语言、知识，组建起属于自己的家园，建立起自己战斗军团，虽然对人类的痛恨入心，但在凯撒领袖的带领下，未曾杀害过一个人类。警方曾想过用更先进的武器去打击猿人，但白宫会议上都不通过这决议，认为猿人不是病毒，只是动物，不用该用杀伤力的武器去对付大自然，会伤害到红森林的同时污染环境，会议上还提议应多研究猿人的智慧崛起原因来多方面协助人类未来
的发展。
凯撒它们在自己的努力奋斗下，在人类的小小世界里得到红森林这小地方进驻。它们利用自己的智慧还有对人类世界的向往，把自己的家园建筑起可以与人类世界攀比的家，凯撒有了自己的家，有了自己要守护的老婆—颉利雅，它们恩爱的一起生活。凯撒认为它们需要学习更多的知识来守护自己的家，所以它们开始学习人类的语言、文字和科学知识，并学会了使用电脑、枪炮等武器，有纪律地成立了自己的军队时刻守护着自己的家园。就在这时埋伏在凯撒统治背后一直默默无闻但屡立功绩却不爱贪功的寇巴（曾注射ALZ-113型剂）开始它的暴乱，它不满足于它们现在的生活，它憎恨着人类，它梦想着统治全人类，让人类作它的奴隶。在这一年来寇巴一直默默组织着有它思想的猿猴，它们有属于自己的医疗军队、科学军团……在这一年来通过寇巴的智慧成功让它的同伴们都同样注射了ALZ-113型剂，它们利用人类的科学知识来制作了比人类更先进的武器军库、医疗系统，通过了多次在攻打进来的人类作测试，了解到113型剂在猿猴身上可以让它们更有智慧，但在人类身上确实真真实实的剧性病毒（3天内七孔流血而亡），寇巴的军团一直埋头研究出改良性发射型武器（ALZ-113型）。在研究成果出来后对凯撒领袖大打出手并抢过凯撒的领袖地位，命令各猿猴发起对人类的进攻。
威尔在洛杉矶游玩回来后立刻回归研究所工作，动手去多方面研究富兰克林的死因，还有对ALZ-113型剂的怀疑态度去思考了那次机场发生的事情。电视上突然发起最新的新闻是全国各地纷纷有人因为
流鼻血等原因而住院，其根本原因还未明，并在新闻上看到了病人的录像（眼球呈黄绿色），这让威尔震惊并开始对公司研究发行的113型智慧药剂提出了自己的见解但公司老板却只求眼前利益而不顾威尔的声讨，认为威尔在胡闹会影响公司的荣誉。威尔认为老板并不是他的知心人，辞职并带走了一定量的ALZ-113药剂带出研究所，他跟老婆联手去着手了解ALZ-113药剂对人类的多方面了解，并得到了他们意料之中却出乎意料的结果—在人类身上是毫无解药的剧毒。
在他们研究的过程中，寇巴带领着它的军团通过大桥，向人类的世界发射爆发性的ALZ-113喷射型武器，人类开始混乱并纷纷开始有不同程度的身体伤害，寇巴它们占领街道、建筑和通讯等公共设施，在各个地方抢回自己的同伴并让它们加入它们的军队。这惊动全美的大事件爆发了，美国各地的警察、军队纷纷拿起武器、战斗机、自卫弹去击杀各地杀红了眼的猿猴，但寇巴它们用自己研究出来的武器去还击，最终在混乱的环境，再加上ALZ-113喷射型武器的杀伤下，人类一一倒下了，寇巴成功夺取人类的世界的其中一个地方并以此作根据点继续自己的对人类的仇杀。
近在身前的大事件发生在威尔的附近，威尔有意识地提前为自己的家做了调整以此来应付ALZ-114喷射型武器的杀伤，并成功活了下来。在寇巴的带领下，猿猴们屡战屡胜并取得各地地方领域的统治，寇巴在其中一地建立起属于它统治的领域，让人类作它的奴隶来指使。
威尔发现猿猴之所以能拥有这些智慧是因为ALZ-113药剂的注
射，威尔在这段时间里跟老婆深入研究这药剂的解药，在经过多次失败后，在最后一批的研究品中取到了一定成效，成功激活了ALZ-113药剂的反应，这新型ALZ-114药剂可以让猿猴们恢复他们的智慧，但接下来的挑战就是怎样去注射这些药剂！
凯撒在与寇巴的战斗中受到了重伤，在经过妻子跟医护人员的调养终于恢复了过来，凯撒认为是他的愚蠢而导致了这事情的发生，留在凯撒的猿猴就只剩下它的知心同伴、之前一起奋斗的战友们。颉利雅这时被毒蛇咬到了，毒蛇咬完后也出现反动，突然挣扎而死，而颉利雅也因此昏迷下去，凯撒立刻呼唤同伴帮忙并救治颉利雅，同伴们听到呼唤后立刻跑到颉利雅身边。凯撒看到场景后心碎了，自己一个人跑开，它开始怀疑自己的领导力，并一直埋怨着自己并不是好领袖，它自己一个跑到最熟悉的树顶观望，想回忆起小时候与威尔的美好回忆，但眼前的一幕让凯撒异常愤恨，眼前再也不是它熟悉的地方了，那城市变得乌烟瘴气，四处弥漫着寇巴留下的战斗痕迹。凯撒开始认清这事情并不再犹豫，它发起自己的宣言，它明白到它们不可能跟人类生活在一起，它之所以之前带走猿猴是因为它只梦想着自己的一族能在森林里自由快活地生活，不想自己的一族当作宠物、试验品，它想要的就是这么简单的。它的号角使同伴们同声同气，凯撒带领着剩下的同伴去阻止寇巴军团们的仇杀，它们用它的武力、智力去阻止了大部分的猿猴，这引起了寇巴的愤怒，寇巴军团宣誓对凯撒发起了强力冲击，凯撒的军团经过一次又一次战斗被寇巴的武力下失败了，但凯撒并不想就这样放弃，但同伴们开始对自己的战斗力表示了怀疑，
凯撒军团长老在最近的一次战斗中死亡更让凯撒的同伴们畏惧。就在凯撒迷茫时，威尔带着防毒面具走到了凯撒身边，并拥抱起了凯撒，与凯撒的对话中了解到它们的想法，威尔就此说出了自己之前后悔在领养所里没有带走它而后悔，但凯撒说出了现在并没有再责怪他了，两人因此而抱笑。两人就目前的局势，威尔说出了研究出ALZ-114药剂可以阻止寇巴的疯狂行动，凯撒知道了之后与威尔一起战斗，再一次对寇巴军团发出最强力的冲击，最终在凯撒跟威尔的奋力下成功阻止了寇巴军团，为寇巴注射了ALZ-114型药剂，寇巴从而恢复到最原始的智慧，在凯撒的努力下，为寇巴军团跟自己的军队都注射了ALZ-114型药剂，最后只剩下凯撒跟颉利雅还没注射。
威尔拿着ALZ-114型药剂走到凯撒它们面前，跟凯撒聊了很多，凯撒跟威尔说了它们猿猴只是想回归最原始的生活，它们热爱大自然，喜欢沐浴在阳光下自由奔放的生活着。凯撒知道它们并不是有意伤害人类，只是人类一直以来对猿猴的捕捉而导致它们对人类的仇恨，凯撒它希望人类多热爱大自然；多热爱它们的生活，给回它们最喜爱的大自然。最后在凯撒的说服下，威尔为凯撒注射了最后一支针筒，让凯撒恢复到最原始的智慧，最后凯撒带着妻子离开了，威尔也带着妻子离开了森林。
END：过了一个月，凯撒妻子生下了两个儿子，眼球是深红色的。